החל משנת 2001, החטיבה למצוינות חינוכית של הארגון פועלת בפריפריה החברתית והגיאוגרפית שלישראל. החטיבה מפעילה תכניות חינוכיות בבתי-ספר תיכוניים שש-שנתיים ויסודיים מתוך תפיסה מערכתית המכירה בשונות ומקדמת שוויון הזדמנויות, ובגישה הוליסטית ייחודית: כדי להביא לשינוי עמוק וארוך-טווח, היחידה מלווה תהליכים פדגוגים תוך התייחסות לכל המרכיבים הקשורים בתהליך- הצוות הניהולי, הצוות החינוכי, התלמידים והוריהם.

מטרתה העיקרית של החטיבה היא לתמוך בבתי-הספר בפיתוח מקצועי של הצוות החינוכי, תוך כדי יצירת מבנה ארגוני מתאים שיתרום לקידום פדגוגי. מטרה זו מושגת מתוך דיאלוג פתוח עם הצוות הניהולי של כל בית-ספר. החטיבה למצוינות חינוכית פועלת ביותר מ-40 בתי ספר ברחבי ישראל ומשפיע על חייהם של למעלה מ-23,000 תלמידים ו-2,000 מורים.